Als het aan de staatssecretaris ligt gaat de overheid zich minder bemoeien met de inhoud van onderzoek en onderwijs, maar de nadruk leggen op de feitelijke prestaties van instellingen. Veel zaken in het hoger onderwijs - accreditatie, medezeggenschap, differentiatie - moeten wat hem betreft nog in deze kabinetsperiode worden geregeld, zodat de nieuwe WHO in 2007 kan worden bekrachtigd door het parlement.
Rutte wil het traditionele onderscheid tussen wetenschappelijk en hoger beroepsonderwijs vooralsnog intact laten, maar de grenzen minder scherp maken. De groeiende samenwerking tussen hogescholen en universiteiten en de internationalisering maken de instandhouding van het huidige binaire stelsel steeds minder reëel. In Europees verband wordt op dit moment onderzocht of en hoeveel verschillende onderwijscategorieën er binnen één instelling mogen worden aangeboden.
Hierop vooruitlopend stelt Rutte voor dat al dan niet met een universiteit gefuseerde brede hogescholen zichzelf nieuwe universiteit mogen noemen als ze erkend wetenschappelijk onderwijs aanbieden. De studenten mogen er ook promoveren, maar de instelling krijgt geen onderzoeksgeld. Onderwijsinstellingen krijgen voorts de mogelijkheid om -internationaal- gezamenlijk opleidingen en diploma's aan te bieden. Het idee van de joint degree past in de kabinetsvisie op leerrechten. Studenten kunnen bij (partner-)instellingen winkelen en zelf hun opleiding samenstellen.
Rutte wil openbare universiteiten een vergelijkbaar zelfstandige status bieden als de confessionele universiteiten. Daarmee kunnen ze een aantal bestuursrechtelijke beperkingen omzeilen. Dankzij het privaatrecht kan de VU bij de fusie met Windesheim bijvoorbeeld doortastender te werk gaan dan een openbare universiteit als de UvA.
Inspelend op de vernieuwingen in het hoger onderwijs - brede bacheloropleidingen, major-minormodellen en university colleges - vindt Rutte dat opleidingen niet langer centraal moeten staan in het hoger onderwijs. Hij wil de overheidsbemoeienis richten op een niveau tussen de opleiding en de faculteit in, het zogenoemde `domein'. Instellingen krijgen daardoor meer vrijheid om de binnen het domein geclusterde verwante opleidingen naar eigen goeddunken in te richten. Als het bachelor-masterstelsel eenmaal is ingevoerd kan er wat Rutte betreft veilig worden overgeschakeld naar een accreditatie per onderwijsdomein. De instelling moet kunnen aantonen dat de kwaliteit van al het onderwijsaanbod binnen zo'n domein gewaarborgd is. Voor deze verwante opleidingen zouden de universiteiten en hogescholen dan degree awarding power krijgen. Dat wil zeggen dat ze graden mogen verlenen op bachelor- en masterniveau, en de universiteiten bovendien op PhD-niveau. Daarmee wordt vooral de kwaliteitszorg door de instelling onderwerp van accreditatie. Dat scheelt veel administratieve rompslomp en kosten.
Instellingen moeten van Rutte tot slot meer verantwoording afleggen aan de onderwijsconsument, al maakt hij niet helemaal duidelijk hoe. De evaluatie van de huidige medezeggenschapswet (MUB) wordt dit voorjaar verwacht. Wat klachtenregelingen betreft, neemt Rutte in zijn notitie alvast een voorschot: hij wil korte lijnen tussen instelling en student. De staatssecretaris denkt aan onafhankelijke commissies die snel en adequaat met eventuele problemen omspringen. Mocht zo'n commissie geen bevredigende oplossing bieden, dan kan een ontevreden student altijd nog op een juridische procedure terugvallen. Om vwo-scholieren betere studiekeuzes te laten maken, moeten de instellingen bovendien hun opleidingsgegevens, inclusief de maatschappelijk positie van afgestudeerden, openbaar maken.