Toonen begon in 2015 als decaan van BMS, de faculteit die ontstond na een fusie van de voormalige faculteiten Gedragswetenschappen en Management & Bestuur. Daarvoor was hij decaan van de faculteit Sociale- en Gedragswetenschappen in Leiden. In 2016 schreef Toonen het herprofilering- en reorganisatieplan BMS Under Steam, onder meer bedoeld om de faculteit te herstructureren en financieel gezond te maken.
In 2019 werd de aanstelling van Toonen verlengd tot april 2022. Inmiddels is duidelijk dat de decaan per direct een deel van zijn taken heeft overgedragen.
Update 30/11/2021 - 14:50
Toonen benadrukt in een reactie dat het slechts om een deel van zijn taken gaat. ‘Ik ben thuis nog hard aan het werk tot april 2022. Vanwege persoonlijke omstandigheden nemen de vice-decanen Ellen Giebels en Ciano Aydin vertegenwoordigende taken in de UT-brede institutionele overlegorganen voor de komende periode over, zodat de continuïteit van de inbreng van BMS in het bestuurlijk proces gewaarborgd blijft. Ik blijf als decaan tot april 2022 de eindverantwoordelijkheid dragen voor de faculteit BMS.’
